Schmidt là con một, sinh năm 1967 tại núi Montana, nơi cha của ông là một nhà sinh vật học thủy sản. Khi ông được 13 tuổi, gia đình anh chuyển đến Anchorage, Alaska.Schmidt học trường phổ thông trung học ở Anchorage, Alaska, và tốt nghiệp vào năm 1985. Ông nói rằng ông muốn là một nhà khí tượng học "kể từ khi tôi khoảng năm tuổi" nhưng "... Tôi đã làm một số công việc tại Cục thời tiết quốc gia Mỹ ở Anchorage và rất không thích nó, ít khoa học, không phải là thú vị khi tôi nghĩ, có nhiều công việc thường lệ. Nhưng tôi đoán tôi chỉ là một chút ngây thơ về một nhà khí tượng học".. Quyết định nghiên cứu thiên văn học, mà ông đã xem như là "một trò tiêu khiển nhỏ", được thực hiện ngay trước khi ông ghi danh theo học tại trường đại học. Ông đã tốt nghiệp cử nhân vật lý, cử nhân thiên văn học từ Đại học Arizona vào năm 1989. Ông đã nhận bằng thạc sĩ và sau đó là tiến sĩ từ Đại học Harvard vào năm 1993. Luận án tiến sĩ Schmidt đã được giám sát bởi Robert Kirshner và sử dụng siêu tân tinh loại II để đo hằng số Hubble.

Tại Harvard, ông đã gặp người vợ tương lai của mình, (Jenny) Úc Jennifer M Gordon, một nghiên cứu sinh tiến sĩ kinh tế. Năm 1994, ông chuyển đến Úc.